而马士英把持了朝大权，自然首先想到安插自己的人，于是说服朱由崧任命阮大铖为兵部右侍郎
阮大铖其实是东林出身，而且本身也颇有釆，但后来依附于魏忠贤，并且在崇祯初年，因为在政治投机站错了队，结果被划为魏忠贤一党，虽然在当年淸剿阉党的时候，逃出了一命，但却己被列入《逆案》之，即为永不录用之意不过阮大铖于马士英有恩，同时马士英也希望通过引阮大英入朝，为自己加个帮手
但阉党和东林党本来就是势同水火，不能共存的，虽然过去了十几年，但东林党依然对当年的事情耿耿于怀，因此这一下自然是一石激起千层浪，刘宗周、黄宗羲等人为代表的东林党立刻群起而攻之，不断上书，不仅指斥阮大铖是奸邪之辈，同时还指桑骂槐，责斥马士英不顾先帝尸骨未寒，就欲翻逆案，是浊乱朝政的大恶之事等等
而阮大铖的事情还沒有结果，在左良玉军当监军的巡按御史黄澍，受左良玉所托，入朝拜见朱甴崧谢恩黄澍也是东林党人，同时又仗着自己有左良玉在背后撑腰，于是拜见完朱由崧之后，就在朝堂上当殿指责马士英为奸臣，力数马士英的罪行不仅边骂边哭，而且还上前大搧马士英耳光使在场群臣，无不动容就连朱由崧也被惊得目瞪口呆
马士英当然也不甘示弱，挨打之后，就在当场向朱由崧叩头，请求辞职虽然在当殿得到了朱由崧的允许，但回家后，马士英又立刻上书，吓唬朱由崧说：“为臣一旦离京而去，四镇皆失势，朝大臣们肯定拥立潞王为帝”
同时和马士英一起拥立朱由崧的秉笔太监卢徳，也在宫痛哭流涕的劝说朱由崧：“皇上您如无马公，不可能正大位如果逐出马公，天下人皆会认定皇上是忘恩负义而且，马公在内阁，万事担当，皇上可以整日闲自在如无马公，朝臣有谁肯顾惜皇上？”
朱由崧在别的事情上虽然糊途，但牵扯到皇位，智商也立刻能提升几个档次，一想也确实是这么回事，因此立刻又重召马士英回朝，并委以内阁首辅之职同时又下旨封马士英推荐的阮大铖为兵部左侍郎兼右佥都御史
与此同时高弘图、吕大器、姜曰广、刘宗周等人，也都不安于位，纷纷离职而去从此之后朝政大多都被马士英和阮大铖把持
公正一点的说，虽然在拥立福王这件事情上，马士英确实是耍了东林党一把，但在拥立这个问题上，东林党本身做的事情也不地道，甚致可以说是把拥立大功拱手让给了马士英
而且马士英并非是一无事处的人，在许多方面的
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