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进入永兴六年，崇国公受九锡之赏，承天命而开府，出领枢密院，正式揭开崇国公府掌握天下军政的格局；甚至有士子上书谏改元公府。
林缚终是没有厚颜无耳的强迫永兴帝更改纪元年号，但公府治政之事，便波澜不惊的闯入淮水以南地区军民的生活之中，江淮诸府也越来越适应只闻枢密院令、未见圣旨的日子。
虽说各地府县名义上还直接受中枢六部统辖，政事堂及六部九寺卿依旧存在，但在府县之上、中枢之下的“使臣”，即郡一级军政官员，则正式由枢密院派遣。
年后到春三月，林缚着手调整中枢及地方的军政关系。
于二月，正式将军情司从枢密院独立出来，设立军事参谋部，受国公府直辖，下辖作战、军情、军务、战训、测绘及地方兵备诸司，使秦承祖、高宗庭出任左右参谋总长，正式成为贯彻及执行国公府命令及指示的军事指挥机构，指挥部署诸行营、诸军、诸独立镇师及地方兵备的作战行动。
在地方改行营总管、行营军统制为都指挥使，与军指挥使平级，皆加参知军事衔，有列席军事参谋部决策会议的权力，勉强军事参谋部的权力过于集中于参谋总长之手。
在行营、行营军及军一级设军事参谋司，以参谋军事领之，职能与军事参谋部等同，负责贯彻及执行都指挥使及军指挥使的命令及指示。
在加强军一级部队作战指挥能力的同时，也实际避免了指挥使一级的重要将领私设幕僚窃取军队的可能；为行营及军一级的大将轮调制做好铺垫，不会使军队因为主将的轮调而大幅削弱指挥作战的能力。
军事参谋部下辖禁营军（都指挥使赵虎）、靖江水师（都指挥使葛存雄）、南阳行营（长山军都指挥使敖沧海）、荆州行营（崇城军都指挥使周周）、东南水师（都指挥使赵青山兼制闽东行营军）、寿州行营（凤离军都指挥使宁则臣）及徐州行营（淮阳军都指挥使刘妙贞）、济州行营（原海东行营军都指挥使马一轼）、靖海水师（都指挥使葛存信）及骑营第一镇师都指挥使周普、第二镇师都指挥使李良、第三镇师都指挥使孙壮、登海镇师制军陈渍……
又正式改编战训学堂，在江宁成立陆军（即马步军）高级指挥学堂的同时，并在崇州、江夏、徐州、明州及晋安、江宁另设六所陆军初级指挥学堂；另设水师指挥学堂——以曹子昂代替林缚出任陆军高级指挥学堂及水师指挥学堂
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