过黄河，甚致是攻下北京，从军事上来说，都是有可能实现的目标。
但商毅现在考虑得更多还是在政治领域，主要是在治国方面，自己包括自己的整个集团，都缺乏相应的经验。打天下是一套方法，但治天下又是另一套方法。在这方面李自成就是一个非常好的前车之鉴，关于李自成失败的原因，后世己经总结过无数，大体也不外乎骄傲自满、麻痹大意，缺乏根基，没有及时建立一套制度等等，而归根到底，还是由于李自成缺乏治国的经验。
成大事必须先要有根基，这是自古以来被无数事实证明过的一个真理，因为根据地不仅能够提供物资和兵源的供应，同时还能够积累足够的治国经验。而李自成缺的，洽洽就是这一点，从他在襄阳正式建立政权到攻占北京，还不足一年的时间，根本没来得极积累治国的经验，而后来面临的局势也不容他慢慢的摸萦，因此失败也是在所难免了。而清廷就是在这方面占优，尽管入关之后，也犯下了不少错误，但终于还是在中国慢慢站稳了脚跟。
虽然商毅在浙江三年，把浙江治理得相当不错，但一个省毕竟不能和一个国家相比，管得好一个省，未必管得好一个国家，何况是像中国这样一个庞大的国家。
现在商毅己经拥有了长江中下游六省和山东大部，全部加起来面积约有九十万平方千米左右，相当于后世的一个中等大国面积，而人口约有一千八百万。正好可以用来积累管理国家的经验,同时还可以培养大量的行政人员,为以后占领全国做准备。
而现在也是将自己的行政中心，由杭州迁到南京去的时候了。
夺取了南京之后，李岩留守南京，付责南京的重建工作，经过了大半年的恢复之后，南京的人口己经达到了二十五万左右，七八成的城区建筑都己经重新建好，其中有一大半是由政府出资修建，但也有相当一部份是私人自建，而这一批人都是准备借南京重建的机会，在南京定居，或者经商的商人、富户。他们的到来，也带动了南京的恢复重建工作的进程，因此计划应该是九月才能搬迁，但在六月的时候，就已经可以了。
而且在南京重建的同时，从杭州通向南京的新路，也己经完工，这条新路仍然是沿着过去的官道修建，由杭朻出发，经湖州进入常州府宜兴县，再到应天府溧阳县、句容县最终到达南京，全长约三百多公里。按正常速度，大约需要三到四天时间，如果以快马加急，则一天就够了。
在顺治四年（1647年）六月十日，商毅也开始正式甴杭州将行政中
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